La Inquisición en la Corona de Aragón data del siglo XIII, constituyéndose con carácter propio para el Reino de Valencia en 1520 gracias a Alfonso V el Magnánimo, separándola así de Cataluña.
Estuvo ubicada en el Palacio del Real, de donde pasó al Palacio Arzobispal ante la llegada de doña Juana –hermana del Rey Católico– en 1501, para finalmente ser trasladada a su nuevo palacio, en el año 1526, que estaba en la plaza de San Lorenzo, plaza que tomó su nombre, Inquisición, como la propia calle.
Cerca del palacio se hallaba la Casa de la Penitencia, establecida para domicilio y cárcel abierta a los penitenciados, a los que el Santo Oficio condenaba a un tiempo de recogimiento. En esta casa también vivía el Alcayde.
Aparte del Arzobispado de Valencia, la jurisdicción se extendía a las diócesis de Tortosa, Albarracín y Teruel. El 27 de marzo de 1420 el papa Martín V expidió desde Florencia una Bula por la que se autorizaba al general de los Dominicos para nombrar al Inquisidor de su Orden.
En 1621 se colocó sobre la puerta del edificio el escudo de Felipe II. El edificio fue vendido en 1820 para viviendas particulares. Tras la desaparición del Tribunal, en 1900, las viviendas fueron derribadas para construir en su lugar una casa señorial.
La falta de datos respecto a su arquitectura se suple con algunos documentos acerca de sus pinturas, integrados en el “Expediente formado para el reconocimiento de las pinturas que se hallan en este Tribunal, para informar a S.E.”. Aquí se refiere al Inquisidor General. En dicho informe, realizado por José Zapata, revisor del Tribunal de Valencia, se incluye un inventario.
El informe fue un requerimiento del Inquisidor General para complacer a Manuel Godoy. Lleva fecha de 10 de septiembre de 1805, destacando cuatro lienzos de Jacinto Jerónimo Espinosa: Encuentro de San Joaquín y Santa Ana; El nacimiento de la Virgen; La presentación de la Virgen en el Templo y La muerte de la Virgen. También constan dos bodegones, uno original de Yepes y otro de escuela extranjera. Todas estas obras fueron enviadas a Madrid.
La última víctima de la inquisición valenciana fue Gaetá Ripoll, un maestro de escuela que fue ejecutado en 1826, pese a que el Tribunal ya no existía en esa época. Parece ser que fue condenado Junta de Fe, creada por el Arzobispo de Valencia. Esta Junta de Fe era, en realidad, un Tribunal que realizaba las mismas funciones que el de la Inquisición. Una vez muerto, el cadáver fue llevado al quemadero de la Inquisición en el paseo de la Pechina.